臺南市動物防疫保護處

1. 89年臺南市政府依地方制度法第六十二條第二項規定,除更名為台南市動物防疫所外,並擴編員額編制為12人。
2. 90年1月因衛生局屠宰衛生業務移撥中央,原有獸醫師5員移撥本所,員額編制增加為17人、庶務助理1人。
3. 91年因應捕犬業務移撥員額17人,庶務助理1人、增加技工3人,另環保局動物管制人員8-12人協助該業務。
4. 99年12月25日與臺南縣家畜疾病防治所合併為臺南市動物防疫保護處編制，員額為57人。
5. 102年4月1日納編25個區公所獸醫，編制員額為82人。

組織架構說明：

處長→副處長→下有秘書及技正；

底下分成：

動物管制隊(任務編組)、家畜保健組、家禽保健組、水產及動物檢驗組（下有北門水產疾病檢驗中心）、

動物公共衛生組、動物收容組（下有動物之家善化站及動物之家灣裡站）、動物保護組、會計室、人事室。